Сравнительный анализ пространственных структур белков


The Presentation inside:

Slide 0

Сравнительный анализ пространственных структур белков 2. Разнообразие формы белков (начало)


Slide 1

Пример 1: Белки, не имеющие постоянной формы Протимозин альфа


Slide 2

Фибриллярные белки Coiled coil (миозин, альфа-кератин) Тройная спираль (коллаген) Бета-спираль (паутина)


Slide 3

Пример 2a: Миозин – фибриллярный белок Схема из книги C.Branden, J.Tooze “Introduction to protein structure”


Slide 4

Пример 2b: Тропомиозин из сердечной мышцы кролика (это не миозин, но тоже двойная спирализованная спираль - coiled coil) PDB 2TMA. РСА, разрешение 15 ангстрем Две параллельные альфа-спирали


Slide 5

Упражнение: примерно какой длины последовательность спирализованного хвоста миозина?


Slide 6

2c: Как coiled coil проявляется в последовательности? Например, лейциновой молнией Белок SCP1 из синаптонемного комплекса – тоже coiled coil


Slide 7

2d: Как лейциновая молния (Leucine zipper) проявляется в структуре? Показаны каждый 7й остаток цепей A и B; Leu - зеленые (A) и темнозеленые (B) Лейциновая молния PDB код 1ci6


Slide 8

Пример 2e: использование лейциновых молнии в транскрипционных факторах для узнавания участков ДНК с определенной последовательностью (“специфическое узнавание ДНК”)


Slide 9

Большая бороздка Малая бороздка Большая бороздка Сахарофосфатный остов ‘прямой’ цепи Сахарофосфатный остов ‘обратной’ цепи 5’ 5’ 3’ 3’ Вот что нужно узнавать!


Slide 10

Вот как расположены домены ‘лейциновая молния’ при связывании ДНК 1NWQ: транскрипционный фактор CCAAT/enhancer-binding protein (C/EBPs) крысы


Slide 11

Белки colied coil 1M1J: native chicken fibrinogen три параллельных спирали. 2.7A 1QU7: E.coli cytoplasmic domain of a serine chemotaxis receptor.2.6A Четыре антипараллельных спирали


Slide 12

Пример 3: тропоколлаген – тройная спираль 1BKV: синтетический коллагеноподобный белок с природной последовательностью PRO-HYP- GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-ILE-THR-GLY-ALA-ARG-GLY-LEU-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP- ========= G-X-X


Slide 13

Три цепи тройной спирали одинаковы, регулярны, параллельны и “близки” к бета-тяжам


Slide 14

Тройная спираль удерживается водородными связями остовных атомов Цепь A Цепь C Цепь B i-я тройка (i+1)-я i-я тройка: Gly-Pro-Hyp (i+1)-я: Gly-Pro-Hyp


Slide 15

Схема водородных связей в тройной спирали. Полярные атомы Gly.O и Hyp.O не образуют водо- родных связей


Slide 16

ПРАВИЛО: Цепь A Цепь C Цепь B Gly.N из (i+1)-й тройки цепи образует водородную связь с Pro.O из i-й тройки следующей по стрелке цепи


Slide 17

Еще одна схема тех же связей


Slide 18

Модель коллагена (5 цепей тропоколлагена) Соседние тропоколлагены связаны водородными связями гидроксильных групп гидроксипролина с остовными кислородами


Slide 19

Пример 4. Фиброин паутины -бета-спираль


Slide 20

Миоглобин свиньи в комплексе с гемом, O2


Slide 21

Токарный станок – это фермент, катализирующий реакцию превращения заготовки в деталь, имеющую цилиндрическую, коническую или любую форму тела вращения 3 м 3 см


×

HTML:





Ссылка: